המוזיאון לארכיאולוגיה אזורית וים תיכונית, נוסד בשנת 1963 על תל עתיק מתקופת המקרא. המוזיאון מבוסס על האוסף הנדיר שתרם דן ליפשיץ משוויץ, לקיבוץ ניר דוד, אליו הגיע כחבר גרעין לפני למעלה מיובל שנים. האוסף הביא את אלעזר אונגר וחברים אחרים בקיבוץ, לגייס תרומות ולהקים את המוזיאון על פסגתו של תל עמל. עם הקמתו, נערכו בתל חפירות מדעיות מטעם אגף העתיקות. נחשפו מערות קבורה כנעניות בנות למעלה מארבעת אלפים שנה, ששויכו לתקופת הברונזה התיכונה I (הברונזה הביניימית). כאלף שנים אחר כך התיישבו בתל הישראלים, שהקימו בו כפר אורגים משגשג, שהיה אחת הבנות (כפרים) של בית שאן בימיו של שלמה המלך ועד לחורבן הבית הראשון.
במוזיאון מוצגים אוספים נדירים של כלי חרס צבעוניים, פסלונים וצלמיות המייצגים תרבויות עתיקות ששגשגו לאורך חופי הים התיכון והאגאי, בין השאר מהתרבות האטרוסקית, תרבויות יוון, איטליה, פרס, מצריים ועוד. באגף אחר מוצגים ממצאים שנחשפו בחפירות אתרים בעמק בית שאן. במוזיאון סדנת לימוד ויצירה, בית בד עתיק משוחזר, ספריה עשירה, חצר פריטים ארכיטקטוניים עתיקים ועוד. הוא כיום חלק ממכלול מוזיאלי גדול הנקרא: "עקבות בעמק" וכולל גם את המרכז החינוכי חומה ומגדל, טחנות קמח עתיקות ומתקנים נוספים.